La parroquial de San Miguel, extinguida como tal en el año 1843, forma parte del conjunto de templos arruinados en el siglo XIX, sin embargo su fábrica gótico-mudéjar, más los elementos añadidos en el siglo XVI como la torre y la portada, han tenido mejor suerte que las de San Pedro, Santa Cruz, Santiago, Salvador o San Lorenzo, de las que tan solo una concienzuda labor arqueológica aportaría ciertos datos sobre su conformación.

De San Miguel aún persisten entre las viviendas contiguas los siguientes restos: el ábside de la iglesia con ventanas de ladrillo de tradición mudéjar, la cripta, una de las capillas laterales, parte de la torre, el muro lateral de la sacristía, algunas ménsulas de la nave central y su hermosa portada. La conservación de esta portada fue motivo de preocupación para los historiadores del siglo XIX; especialmente significativa es la descripción que de ella y de la iglesia hizo Pi y Margall en 1885: “La portada de la iglesia de San Miguel y una de la catedral revelan hasta en sus menores detalles, elegancia, delicadeza, y gusto. ¡Qué lástima que esté condenada a desaparecer tan linda obra! La iglesia a que abría paso, es ya un patio donde las aguas del cielo hacen crecer la yerba; y está la portada sola, completamente aislada. ¿Quién dudará que se derribe?”.

Afortunadamente la preocupación por la suerte de esta singular pieza también caló en las autoridades locales. En 1918 el Concejo de Jaén acordó promover el expediente para su declaración como monumento artístico. En 1920 se proyectó el traslado a la iglesia de San Pedro, por entonces en reconstrucción, aunque en la actualidad nada queda de ella. Pero no sería en este templo donde por fin se ubique, sino en el futuro Museo Provincial, aprobado en el citado año de 1920 siendo ministro de Instrucción Pública y Bellas Artes el giennense don José del Prado y Palacios. El proyecto corrió en gran parte a cargo del arquitecto A. Flores Urdapilleta. La portada preside el patio del Museo en eje con la del Pósito (siglo XVI), colocada en el exterior del edificio.

La historiografía tradicionalmente ha vinculado esta portada de San Miguel con Andrés de Vandelvira. Quizás de los primeros investigadores en hacerlo fue el deán Mazas en 1794: “Las iglesias de parroquias se hallan en aquel pobre estado de su fundación, excepto alguna portadita arreglada que se añadió después como la de San Miguel por mano, o dirección de Vandelvira (...)”. Aunque se desconocen, hasta el momento, referencias documentales sobre el encargo, la formulación arquitectónica apunta directamente como autoría de Andrés de Vandelvira.

Según reza en la propia portada, esta se labró entre los años 1560 y 1561, siendo prelado de la diócesis don Diego de los Cobos, promotor del Hospital de Santiago en Úbeda, trazado y dirigido por Andrés de Vandelvira. La portada de San Miguel es una de las más claras piezas de Vandelvira, cuyo diseño de inspiración siloesca ya fue desarrollado en el cuerpo inferior de la portada de los pies de el Salvador de Úbeda; su esquema compositivo de un solo cuerpo (repetido en la portada de San Nicolás de Úbeda y San Juan Evangelista de Mancha Real) está formado a base de un arco de medio punto flanqueado por pares de columnas corintias sobre pedestales con nichos avenerados en los intercolumnios, que se mantendrá hasta mediados del siglo XVII dentro de lo que se ha venido en llamarse la escuela vandelviriana; en el entablamento corre la siguiente inscripción: “Esta portada se acabó en el año 1561 siendo obispo de Jaén él muy Ilmo. y reverendísimo Sr. D. Diego de los Cobos”; se completa con una hornacina para albergar el santo titular y diversos elementos geométricos, igualmente muy vandelvirianos.