Le choix s'est porté sur la noble famille Baezan de Los Benavides. Le transfert du conseil d'administration a eu lieu à Valencia de Benavides, étant ses descendants et, après avoir résolu divers procès, les promoteurs d'une entreprise aussi importante, qui visait sans aucun doute à imiter la chapelle funéraire d'El Salvador de Úbeda, construite par le secrétaire de l'empereur Carlos V, Francisco de los Cobos. Dans le testament de Valence de Benavides, accordé en 1538, les dotations sont nécessaires pour achever l'usine, évidemment destinée à l'inhumation et aux descendants. Les travaux de la nouvelle église devaient commencer à la tête au début des années 1540 et durer de nombreuses années, car en 1563 la chapelle principale n'était pas encore achevée.

Lors de la visite de Felipe IV à la ville de Baeza en 1624, la chapelle fut achevée, mais pas le reste du corps du temple, dont la construction dura jusqu'au XVIIe siècle. Mais le malheur va hanter ce grand ouvrage, car au milieu dudit XVIIe siècle il avait déjà besoin de réparations. Au début du XIXe siècle, la tête a été ruinée par un mouvement sismique qui a forcé le démantèlement de ce qui en restait. Dans la gravure Parcerisa de 1850, l'aspect romantique qu'elle présente est celui de la ruine totale et de l'abandon. Le reste de l'église et le couvent ont également subi de nombreuses transformations tout au long des XIXe et XXe siècles pour adapter l'ensemble architectural à de nouveaux usages: farine, théâtre et habitation. La restauration et la consolidation du complexe ont été effectuées, non sans critiques, entre 1986 et 1988 pour son conditionnement en auditorium, laissant la chapelle principale découverte et séparée du reste du corps de l'église par une grande fenêtre. Le cloître et les autres pièces ont été transférés au restaurant Vandelvira en 1990.

Celui qui a été choisi pour construire une chapelle aussi monumentale était Andrés de Vandelvira, un maître tailleur de pierre, déjà bien connu pour ses grands projets dans d'autres villes de la Loma. Bien que le contrat de travaux entre les Benavides, les frères de San Francisco et de Vandelvira n'ait pas encore été découvert, sa paternité est donnée par le témoignage de son fils Alonso en se référant à la «chapelle cruçada» dans son célèbre traité d'architecture: «This This chapel a été mis en œuvre à San Francisco dans la ville de Baeza par mon seigneur père et je comprends que c'est la meilleure chapelle privée et plus bien ordonnée et décorée qu'il y en a dans notre Espagne, elle a soixante pieds de brèche sans les accessoires qui en a 8 pieds ".

Dans cette usine, Vandelvira travaille en toute liberté, en dehors des impositions comme à Salvador de Úbeda. Il bannit les croix gothiques et les grotesques, incorporant l'ornement avec plus de clarté par rapport aux éléments architecturaux. Dans sa conception, il s'éloigne également de ce qui va être réalisé au Salvador, puisqu'il pose un grand espace carré recouvert d'un vaida renforcé par des traverses qui viennent coïncider avec les paires de colonnes des arcs transversaux, s'élevant sur les côtés retables funéraires, dont seul celui de l'Évangile a été conservé. Ces retables en pierre de conception serlienne sont encadrés de grands arcosolios et de doubles colonnes à canon allongé. En tête, le maître-autel est situé en hauteur sur trois arcs en caisson.

L'ampleur du programme iconographique développé devait obéir à un plan parfaitement conçu déterminé par la nature funéraire du complexe: évangélistes, pères de l'Église, saints; Dans le retable en pierre conservé, nous avons des symboles funéraires et héraldiques, l'Épiphanie à gauche, l'Adoration des bergers à droite (avec la date 1560), au centre la Résurrection (tympan) avec les Tétramorphes. Aussi d'excellente qualité sont les têtes des plafonds à caissons des arcosolios du maître-autel, ainsi que ses tympans d'inspiration mythique et le demi-cercle avec une Mater Dolorosa avec le Christ couché, récurrent avec le thème funéraire du projet. Les sculpteurs fondamentaux de cet extraordinaire programme iconographique, dans un état de conservation régulier, étaient Esteban Jamete et Juan de Reolid.gen.